|
|
Vývoj rychlé metody cílené mutageneze bakterie Streptococcus zooepidemicus
Černý, Zbyněk ; Španová, Alena (oponent) ; Pepeliaev,, Stanislav (vedoucí práce)
Tato diplomová práce je zaměřena na vyvinutí rychlé metody cílené mutageneze genů Streptococcus zooepidemicus založené na přirozené kompetenci buněk. Na základě experimentálních dat byly vybrány geny pro deleci, které s vysokou pravděpodobností mají vliv na syntézu kyseliny hyaluronové. Byla provedena delece vybraných genů z genomové DNA jako důkaz účinnosti metody, a u rekombinantních kmenů S. zooepidemicus byly sledovány změny koncentrace prekurzorů kyseliny hyaluronové (glukuronová kyselina a N-acetylglukózamin) v čase a výsledná produkce kyseliny hyaluronové.
|
|
|
Identifikace aminokyselinových zbytků v acylované doméně RTX toxinů podílejících se na vazbě acyltransferázy
Grobarčíková, Michaela ; Mašín, Jiří (vedoucí práce) ; Černý, Ondřej (oponent)
Adenylát-cyklázový toxin (CyaA) a α-hemolysin (HlyA) patří do rodiny RTX toxinů, které hrají klíčovou roli v patogenezi bakterií Bordetella pertussis a Escherichia coli. Bakteriální RTX toxiny jsou produkovány gram-negativními bakteriemi a mají několik význačných společných vlastností: (1) vyžadují posttranslační aktivaci připojením řetězců mastných kyselin na dvě lysinová residua toxinu; (2) obsahují hydrofobní doménu, která v membránách cílových buněk vytváří kation- selektivní póry; (3) jsou sekretovány sekrečním systémem typu I; (4) po sekreci se stávají biologicky aktivními díky vazbě Ca2+ do opakujících se sekvencí bohatých na glycin a aspartát. CyaA přenáší adenylát-cyklázový enzym do cytozolu fagocytů a po vazbě vnitrobuněčného kalmodulinu narušuje jejich baktericidní funkce nekontrolovanou přeměnou ATP na cAMP. CyaA a HlyA také vytvářejí kation-selektivní póry, které permeabilizují membránu eukaryotických buněk. Oba toxiny se preferenčně váží na buňky nesoucí na svém povrchu β2 integriny, ale mohou interagovat se širokým spektrem eukaryotických buněk nebo i čistými lipidovými membránami. Aktivace obou toxinů z formy protoxinu probíhá modifikací za přítomnosti specifických acyltransferáz. CyaA je aktivován acyltransferázou CyaC, kdežto HlyA je aktivován acyltransferázou HlyC. Tato...
|
|
|
Role Argininu 717 v inzulínovém receptoru, respektive Argininu 704 v IGF-1 receptoru při vazbě ligandů
Kertisová, Anna ; Selicharová, Irena (vedoucí práce) ; Ryšlavá, Helena (oponent)
Inzulín a homologický inzulínu podobný rustový faktor 1 (IGF-1) jsou peptidove hormoný, ktere jsou významnými regulatorý bunecneho metabolismu, proliferace a apoptozý. Poruchý v signalizacních drahach techto hormonu s sebou nesou radu zavazných onemocnení od diabetu mellitu týpu 1 a 2 po rakovinne bujení ci neurodegenerativní onemocnení. Bunecnou odpoveď na týto hormoný zprostredkovavají inzulinove (IR) a IGF-1 receptorý (IGF-1R) s týrozinkinazovou aktivitou. Receptorý tvorí heterotetramerý dvou extracelularních α podjednotek a intracelularních β podjednotek. Studium struktur receptoru se snazí ozrejmit zakladní princip interakce receptoru s jejich ligandý, avsak stale zustava role nekterých aminokýselinových zbýtku ve vazbe hormonu neobjasnena. Predpoklada se, ze arginin 704 IGF-1R bý se mohl ucastnit interakce s glutaminem 58 IGF-1. Na rozdíl od IGF-1R nebýl ekvivalentní arginin 717 IR v predchozích studiích pokladan za dulezitý pro vazbu inzulínu. Tato prace se zabýva objasnením role argininu 704 IGF-1R, a pro porovnaní analogický argininu 717 IR izoformý A (IR-A), ve vazbe ligandu na receptor. Býlý výtvorený mutantní variantý IGF-1R na pozicích His697 a Arg704 a variantý IR-A na pozicích His710 a Arg717. Role histidinu 697 IGF-1R a 710 IR jiz býla dríve objasnena, proto jejich aminokýselinova...
|
|
|
Preparation of mutant variants of Kingella kingae RtxA cytotoxin for membrane topology research
Lichvárová, Michaela ; Osičková, Adriana (vedoucí práce) ; Malý, Petr (oponent)
Kingella kingae je fakultativně anaerobní, β-hemolytická, gramnegativní bakterie. Bylo prokázano, že K. kingae je důležitou příčinou invazivních infekcí u malých dětí zejména ve věku od 6 do 36 měsíců. Nejčastější onemocnění způsobená bakterií K. kingae jsou septická artritida, osteomyelitida, bakteriémie a infekční endokarditida. Klíčovým faktorem virulence K. kingae je sekretovaný RtxA toxin, který patří do skupiny RTX toxinů (z angl. Repeats in ToXin). Ty se na základě buněčné specifity jejich účinku dělí do dvou kategorií, a to na hemolyziny a leukotoxiny. Široká specifita RtxA toxinu naznačuje, že daný toxin patří mezi hemolyziny. Molekuly RtxA toxinu se vkládají do membrány hostitelské buňky a vytvoří v ní póry, které jsou schopny propouštět ionty, čimž dojde k porušení iontové rovnováhy nitrobuněčného prostředí a k případné lýze buňky. Cílem předkládané bakalářské práce bylo připravit mutantní varianty cytotoxinu RtxA s lysinovými substitucemi v doméně tvořící póry pro budoucí studium membránové topologie daného toxinu s využitím metody navázaní biotinu na aminokyselinový zbytek lysinu. Pro studium topologie RtxA toxinu v membráně hostitelské buňky musí být daný toxin schopen vkládat se do buněčné membrány. Proto dalším cílem bylo stanovení biologické aktivity mutantních variant RtxA toxinu...
|
|
| |
|
| |
|
|
Study of function and molecular architecture of fungal nitrilases applicable in biocatalysis
Veselá, Alicja Barbara ; Martínková, Ludmila (vedoucí práce) ; Macek, Tomáš (oponent) ; Teisinger, Jan (oponent)
Nitrilasy jsou enzymy katalyzující hydrolýzu nitrilů na příslušné karboxylové kyseliny a amonné ionty. Tyto enzymy mohou nalézt využití v biokatalýze a bioremediaci pro vyšší nenáročnost, bezpečnost a jednoduchost takto katalyzovaných reakcí před konvenčními metodami hydrolýzy nitrilů. V této práci byly pomocí metody prohledávání databazí vybrány sekvence hypotetických fungálních nitrilas. Jako templáty posloužily aminokyselinové sekvence fungálních nitrilas již dříve charakterizovaných v naší laboratoři. Následně byly nové syntetické geny spolu se zbylými geny z naší nitrilasové knihovny exprimovány v E. coli a poté byly porovnány jejich substrátové specifity a podobnost sekvencí. Arylacetonitrilasy z hub Arthroderma benhamiae (NitAb) a Nectria haematococca (NitNh) byly purifikovány a charakterizovány; byly stanoveny jejich substrátové specifity, kinetické parametry, pH a teplotní profily a velikost podjednotek. NitAb a NitNh spolu s dalšími rekombinantními fungálními nitrilasami byly použity pro hydrolýzu vysokých koncentrací (R,S)-mandelonitrilu v jedné dávce nebo s postupným dávkováním substrátu. Ze studovaných enzymů nitrilasa z Aspergillus niger vykázala nejlepší enantioselektivitu (e.e. pro (R)-mandlovou kyselinu až 97,6 %) a produktivitu enzymu v sušině (až 40 g gsuš -1 ). NitAb byla pouze mírně...
|
|
|
Peptidasy rodiny M16B a evoluční souvislosti mezi nimi
Hanušová, Iva ; Stiborová, Marie (vedoucí práce) ; Šulc, Miroslav (oponent)
Souhrn V teoretické části tato bakalářská práce pojednává o skupině peptidas rodiny M16B. Detailněji se zabývá strukturou a evolucí mitochondriální a hydrogenosomální ,,processingˮ peptidasy a také hypotetickou proteasou z bakterie Rickettsia prowazekii. V praktické části této práce byly prostřednictvím metody cílené mutageneze připraveny konstrukty kódující α-podjednotku hydrogenosomální ,,processingˮ peptidasy (α- HPP) se zaměněným zbytkem tryptofanu v pozici 236 za fenylalanin a tyrosin. Následně byl do konstruktu α-HPP zaveden nový reportérový zbytek tryptofanu do pozice 256, 260, 267 nebo 271 v oblasti tzv. smyčky bohaté na glycin.
|
|
|
Expression and characterization of recombinant capsid protein from HIV and its mutants: towards inhibition of virus assembly
Sivá, Monika ; Konvalinka, Jan (vedoucí práce) ; Maloy Řezáčová, Pavlína (oponent)
Virus HIV je pro svět hrozbou již třicet let. Způsobuje syndrom získaného selhání imunity (AIDS), při kterém je infikovaný jedinec náchylný k nádorovým onemocněním a život ohrožujícím infekcím. Součástí kombinované antiretrovirové terapie je mnoho léčiv potlačujících množení viru HIV. Ta však pouze zpomalují průběh onemocnění. Protože zatím nebyla objevena žádná dostatečně efektivní léčba, odborníci neustále hledají nové cíle terapeutického zásahu včetně možnosti virus z těla zcela vymýtit. Díky svým multimerizačním vlastnostem je kapsidový protein HIV potenciálním cílem pro inhibici skládání infekční virové částice. N-terminální doména šesti kapsidových proteinů vytváří hexamery a pentametry. Díky proteinové krystalografii a na základě NMR měření víme, že jsou k sobě vázané dimery C-terminální domény. Existují inhibitory, které se vážou na C-terminální doménu, pozměňují její konformaci a mohou tak ovlivnit protein-proteinové interakce dimeru. Tento efekt lze popsat několika metodami, například proteinovou mikrokalorimetrií. Rekombinantní kapsidový protein tzv. divokého typu a jeho C-terminální doména, jež oba dimerují v roztocích i krystalech, byly připravené v bakteriích a dále vyčištěny. Jejich dimerizační konstanta byla změřená izotermální titrační kalorimetrií. Rekombinantní kapsidový protein a jeho...
|
|
|
Vývoj rychlé metody cílené mutageneze bakterie Streptococcus zooepidemicus
Černý, Zbyněk ; Španová, Alena (oponent) ; Pepeliaev,, Stanislav (vedoucí práce)
Tato diplomová práce je zaměřena na vyvinutí rychlé metody cílené mutageneze genů Streptococcus zooepidemicus založené na přirozené kompetenci buněk. Na základě experimentálních dat byly vybrány geny pro deleci, které s vysokou pravděpodobností mají vliv na syntézu kyseliny hyaluronové. Byla provedena delece vybraných genů z genomové DNA jako důkaz účinnosti metody, a u rekombinantních kmenů S. zooepidemicus byly sledovány změny koncentrace prekurzorů kyseliny hyaluronové (glukuronová kyselina a N-acetylglukózamin) v čase a výsledná produkce kyseliny hyaluronové.
|
host ::
RSS.